透射扫描电子显微镜既有透射电子显微镜又有扫描电子显微镜的显微镜，可以将样品冷却到液氮温度，特别适用于观测蛋白、生物切片等对温度敏感的样品。通过对样品的冷冻，可以降低电子束对样品的损伤，减小样品的形变，从而得到更加真实的样品形貌。
透射扫描电子显微镜成像是利用会聚的电子束在样品上扫描来完成的。在扫描模式下，场发射电子源发射出电子，通过在样品前磁透镜以及光阑把电子束会聚成原子尺度的束斑。电子束斑聚焦在试样表面后，通过线圈控制逐点扫描样品的一个区域。在每扫描一点的同时，样品下面的探测器同步接收被散射的电子。对应于每个扫描位置的探测器接收到的信号转换成电流强度显示在荧光屏或计算机显示器上。样品上的每一点与所产生的像点一一对应。从探测器中间孔洞通过的电子可以利用明场探测器形成一般高分辨的明场像。环形探测器接受的电子形成暗场像。
透射扫描电子显微镜的平台式设计具备了模块多功能化，最高的稳定性及操作的便捷性，从而提供可靠的最佳成像性能。扫描电子显微镜的核心优势：
1.稳定性更高：牢固的系统机壳、恒定功率物镜和远程操作可实现一致使用
2.自动化：多种自动功能(自动电子枪、自动对齐)可提高结果的可重复性和再现性。
3.高质量成像：相机提供大视场，能够实现高灵敏度、高速度的实时数字缩放。
4.快速更换样品：强大的真空系统可提供无污染的环境，并在发生气锁后快速恢复。
5.数据关联：软件用于在无人值守的情况下自动进行多个尺度的大面积采集。
6.冷冻成像：在较低冰晶生长速度下观察冷冻样品，并使用EPU软件自动执行单颗粒分析成像。
